與普通鴨蛋相比，咸鴨蛋中部分蛋白質被分解為氨基酸，由于鹽腌，使蛋內鹽分增加，蛋內無機鹽也隨之略增。生蛋黃中的脂肪由于與蛋白質結合在一起，看不出含有油脂，腌制時間久了，蛋白質會變性，并與脂肪分離，脂肪聚集在一起就成了蛋黃油，蛋黃中帶有紅黃色卵黃素及胡蘿卜素，溶于蛋黃油呈紅黃色，增加咸蛋的感官性狀，咸鴨蛋出油則是腌好的標志。此外，咸鴨蛋中鈣質、鐵質等無機鹽含量豐富，含鈣量、含鐵量比雞蛋、鮮鴨蛋都高，因此是夏日補充鈣、鐵的好食物。