雖然不同種屬來源的GI 的一級結(jié)構(gòu)有一定的差異，但在空間結(jié)構(gòu)上具有相似性。GIase 都是非糖蛋白，一般以四聚體或二聚體形式存在。其亞基單體分子質(zhì)量為19 ～ 52 kD。四聚體亞基之間都以非共價(jià)鍵相結(jié)合，無二硫鍵，二聚體之間的結(jié)合力強(qiáng)于二聚體內(nèi)的亞基間結(jié)合力，亞基單體間符合222點(diǎn)群對稱分布，每個(gè)亞基單體分兩個(gè)結(jié)構(gòu)域 [4]  。N端的主結(jié)構(gòu)域: 由8 股α /β 螺旋折疊結(jié)構(gòu)圍成具有催化作用的“催化口袋”，內(nèi)層由8 條平行的β 折疊片構(gòu)成，外層由8 股與β 折疊片交替相鄰的α 螺旋構(gòu)成，α 螺旋的肽鏈走向與β 折疊片成反平行，活性中心則位于β 折疊的近C 端口部。C 端的小結(jié)構(gòu)域：由幾段α 螺旋無規(guī)則卷曲成一個(gè)遠(yuǎn)離N 端的不規(guī)則環(huán)狀結(jié)構(gòu)，該結(jié)構(gòu)域參與亞基間的相互作用及活性中心的構(gòu)建。

四聚體葡萄異構(gòu)酶有4 個(gè)活性中心，呈口袋狀，活性中心位于亞基催化域β 桶的近C 端口部。每個(gè)活性中心由2 個(gè)相鄰亞基構(gòu)成，包含2 個(gè)二價(jià)金屬離子結(jié)合位點(diǎn)，以及與底物結(jié)合和催化過程相關(guān)的保守殘基。