經(jīng)過幾十年的研究發(fā)展，國內(nèi)外生態(tài)浮島技術(shù)得到極大完善，然而其仍處于試驗與示范階段，存在一些問題和不足。

1現(xiàn)有生態(tài)浮島栽培不易進行標準化推廣應用。不同的湖泊河流，其富營養(yǎng)化水平不同，水流、溫度、風速、水體波動等都各不相同，需要相應的浮島設(shè)計組合和浮島植物種類搭配，很難制定一個統(tǒng)一的標準予以推廣應用。

2.現(xiàn)有生態(tài)浮島難以推行機械化操作。生態(tài)浮島漂浮在水面上，日常的管理均在水面上完成，現(xiàn)今其管理操作大多采用人工完成，在小面積的試驗示范中尚可，若大面積推廣，需要經(jīng)常、及時采收，人工操作就不能滿足需要，限制其發(fā)展。

3.現(xiàn)有生態(tài)浮島制作施工周期長。從目前來看多數(shù)的生態(tài)浮島都是采用現(xiàn)場制作及現(xiàn)場種植的模式，大面積制作施工周期較長。人工浮島的水下固定設(shè)計是一個較為重要的設(shè)計內(nèi)容，既要保證浮島不被風浪帶走，還要保證在水位劇烈變動的情況下，能夠緩沖浮島和浮島之間的相互碰撞以前日本在研究海洋的浮防波堤的時候，曾對水下固定部分的安全性提出過懷疑而人工浮島的設(shè)計是以湖沼為對象，象琵琶湖、霞浦這兩個湖泊屬最大規(guī)模的項目，和海洋比較起來設(shè)計外力僅為海洋的1/10，所以參考過去海洋建筑物及沿岸設(shè)計進行琵琶湖、霞浦這兩個湖泊的人工浮島的水下固定計算，得到了安全可靠的計算結(jié)果水下固定形式要視地基狀況而定，常用的有重量式、錨固式、杭式等另外，為了緩解因水位變動引起的浮島間的相互碰撞，一般在浮島本體和水下固定端之間設(shè)置一個小型的浮子的做法比較多。