番木瓜未成熟果實(shí)中含有木瓜蛋白酶(Papain)、木瓜凝乳蛋白酶A(Chymopapain A )、木瓜凝乳蛋白酶B(Chym opapain B )、木瓜肽酶B (PapayaPeptidase B ) 等多種蛋白水解酶。且已知四種半胱氨酸蛋白酶的一級(jí)結(jié)構(gòu)具有高度的同源性。其中，木瓜蛋白酶屬巰基蛋白酶，可水解蛋白質(zhì)和多肽中精氨酸和賴氨酸的羧基端，并能優(yōu)先水解那些在肽鍵的N-端具有二個(gè)羧基的氨基酸或芳香L-氨基酸的肽鍵。

木瓜蛋白酶是一種蛋白水解酶，分子量為23406，由一種單肽鏈組成，含有212個(gè)氨基酸殘基。至少有三個(gè)氨基酸殘基存在于酶的活性中心部位，他們分別是Cys25、His159和Asp158，當(dāng)Cys25被氧化劑氧化或與金屬離子結(jié)合時(shí)，酶的活力被抑制，而還原劑半胱氨酸（或亞硫酸鹽）或EDTA能恢復(fù)酶的活力 [1]  。另外六個(gè)半胱氨酸殘基形成了三對(duì)二硫鍵,且都不在活性部位。純木瓜蛋白酶制品可含有：（1）木瓜蛋白酶，分子量21000，約占可溶性蛋白質(zhì)的10%；（2）木瓜凝乳蛋白酶，分子量26000，約占可溶性蛋白質(zhì)的45%；（3）溶菌酶，分子量25000，約占可溶性蛋白質(zhì)的20%；及纖維素酶等不同的酶。

木瓜蛋白酶是一種在酸性、中性、堿性環(huán)境下均能分解蛋白質(zhì)的蛋白酶。它的外觀為白色至淺黃色的粉末，微有吸濕性；木瓜蛋白酶溶于水和甘油，水溶液為無(wú)色或淡黃色，有時(shí)呈乳白色；幾乎不溶于乙醇、氯仿和乙醚等有機(jī)溶劑。木瓜蛋白酶是一種含巰基(-SH)肽鏈內(nèi)切酶，具有蛋白酶和酯酶的活性，有較廣泛的特異性，對(duì)動(dòng)植物蛋白、多肽、酯、酰胺等有較強(qiáng)的水解能力，但幾乎不能分解蛋白胨。 [2] 

木瓜蛋白酶的最適合PH值6～7(一般3～9.5皆可)，在中性或偏酸性時(shí)亦有作用，等電點(diǎn)（pI）為8.75；木瓜蛋白酶的最適合溫度55～65℃(一般10～85℃皆可)，耐熱性強(qiáng)，在90℃時(shí)也不會(huì)完全失活；受氧化劑抑制，還原性物質(zhì)激活。

木瓜蛋白酶的剪切肽鍵的機(jī)制包括：在His-159作用下Cys-25去質(zhì)子化，而Asn-158能夠幫助His-159的咪唑環(huán)的擺放，使得去質(zhì)子化可以發(fā)生；然后Cys-25親核攻擊肽主鏈上的羰基碳，并與之共價(jià)連接形成?；钢虚g體；接著酶與一個(gè)水分子作用，發(fā)生去?；?，并釋放肽鏈的羰基末端。 [2] 

《GB 2760-2011 食品安全國(guó)家標(biāo)準(zhǔn) 食品添加劑使用標(biāo)準(zhǔn)》規(guī)定，木瓜蛋白酶可用作食品工業(yè)在的加工助劑（酶制劑）。一般應(yīng)在制成最后成品之前除去（規(guī)定有殘留量者除外）。 [3] 

木瓜蛋白酶主要用于啤酒抗寒（水解啤酒中的蛋白質(zhì)，避免冷藏后引起的渾濁）、肉類軟化（水解肌肉蛋白和膠原蛋白，使肉類軟化）、谷類預(yù)煮的準(zhǔn)備、水解蛋白質(zhì)和肉類香料的生產(chǎn)。在啤酒抗寒和肉類軟化方面的應(yīng)用遠(yuǎn)比其他蛋白酶類廣泛。用量一般為1～4mg/kg促使餅干中面筋的分解，以使成品松軟。肉類軟化有多種蛋白酶可用，比較如下表所列。 [2] 

通過(guò)測(cè)定嫩肉粉中木瓜蛋白酶的酶活力大小，可判斷嫩肉粉質(zhì)量?jī)?yōu)劣的參考依據(jù)：把嫩肉粉溶于鹽酸半胱氨酸溶液，取該混合液與酪蛋白溶液反應(yīng)10min，用紫外分光光度法測(cè)得反應(yīng)所生成酪氨酸的含量。該方法具有較好的準(zhǔn)確性和重現(xiàn)性。以每分鐘水解酪蛋白生成1ug酪氨酸所需樣品的量為1個(gè)酶活力單位。