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原位雜交；原位雜交（in situ hybridization）將標記的核酸探針與細胞或組織中的核酸進行雜交，稱為原位雜交！

使用DNA或者RNA探針來檢測與其互補的另一條鏈在細菌或其他真核細胞中的位置。

以菌落原位雜交為例：對分散在若干個瓊脂平板上的少數(shù)菌落（100-200）進行克8隆篩選時，可采用本方法。將這些菌落歸并到一個瓊脂主平板以及已置于第二個瓊脂平板表面的一張硝5酸纖維素濾膜上。經(jīng)培養(yǎng)一段時間后，對菌落進行原位裂解。主平板應貯存于4℃直至得到篩選結(jié)果。

雜交液中的陽離子濃度通過靜電排斥作用影響了雜交體之間的鏈穩(wěn)定性，較高的鹽濃度將增加雜交體的穩(wěn)定性。大于0.4M的Na離子濃度，對Tm值、雙鏈復性速率的影響不大，但隨著Na離子濃度的降低，將顯著影響Tm值和雙鏈復性速率。

有2機溶2劑（甲酰胺）的作用是降低DNA-DNA和DNA-RNA等雙鏈體的解鏈溫度。通常DNA需要在0.1~0.2M Na+ 90~100℃的條件下變性，那么應用于原位雜交，樣品必須在65~75℃的條件下進行長時間變性，這將導致樣品形態(tài)學的破壞。50%甲酰胺的應用能將雜交溫度降至30~45℃。

硫酸葡聚糖具有很強的水合性，高濃度的硫酸葡聚糖會使得核酸分子無法獲得周邊親水環(huán)境，增加了探針濃度，加快雜交反應速率。

在條件都得到滿足的情況下，雜交的成敗就取決于保溫時間。時間短了，雜交反應不完成；時間長了也無益，會引起非特異結(jié)合增多。一般雜交反應要進行20h左右。1966年Britten和Kohne推薦用Cot =值來計算雜交反應時間。Cot 值實際上是雜交液中單鏈起始濃度（Co）和 反應時間（t）的乘積。實驗表明Cot =100時，雜交反應基本完成。Cot=0，基本上沒有雜交。例如在液相雜交中未標記的DNA 400μg/ml（按單股DNA每微克 紫外吸收值為0.024計算，總的吸收值為 9.6），如果反應時間為21h，那么對于未標記的DNA來說，Cot =9.6/21 =100.8,，雜交完成了。對標記DN A（濃度為0.1μg/ml）來說Cot值為0.05，這就充分排除了標記DNA的自我復性。Tm值25℃時雜交zui佳，所以首先要根據(jù)公式（4）計算雜交體Tm 值。由此式可見，通過調(diào)節(jié)鹽濃度、甲酰胺濃度和雜交溫度來控制所需的嚴格性。