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原位雜交；原位雜交（in situ hybridization）將標(biāo)記的核酸探針與細(xì)胞或組織中的核酸進(jìn)行雜交，稱為原位雜交！

使用DNA或者RNA探針來檢測與其互補(bǔ)的另一條鏈在細(xì)菌或其他真核細(xì)胞中的位置。

以菌落原位雜交為例：對(duì)分散在若干個(gè)瓊脂平板上的少數(shù)菌落（100-200）進(jìn)行克8隆篩選時(shí)，可采用本方法。將這些菌落歸并到一個(gè)瓊脂主平板以及已置于第二個(gè)瓊脂平板表面的一張硝5酸纖維素濾膜上。經(jīng)培養(yǎng)一段時(shí)間后，對(duì)菌落進(jìn)行原位裂解。主平板應(yīng)貯存于4℃直至得到篩選結(jié)果。

原位雜交中探針的選擇

DNA探針、RNA探針和寡核苷酸探針均能通過不同的酶促分子反應(yīng)進(jìn)行標(biāo)記。寡核苷酸探針的長度較短，因此避免了探針內(nèi)部退火的問題，在雜交時(shí)的滲透能力也更好，探針與靶標(biāo)的接觸這是影響原位雜交是否成功的重要因素之一。DNA探針、RNA探針在合成時(shí)需要控制探針片段長度，通常300-1000bp左右，能覆蓋到較長片段的靶核酸序列，增加檢測的靈敏度。

使用分支DNA信號(hào)擴(kuò)增的RNA FISH

Invitrogen? ViewRNA?和PrimeFlow?檢測是使用分支DNA信號(hào)擴(kuò)增 (bDNA) 來檢測特異性信號(hào)的直接熒光RNA ISH方法。 使用獨(dú)立但兼容的信號(hào)擴(kuò)增系統(tǒng)讓RNA靶標(biāo)的多重復(fù)用成為可能。 熒光RNA原位雜交檢測分為四個(gè)主要步驟：樣本制備、靶標(biāo)雜交、信號(hào)擴(kuò)增以及檢測。 該方法可實(shí)現(xiàn)更高的特異性，更低的背景值和更高的信噪比。