微生物肥料的功效是一種綜合性作用，一般不直接為農(nóng)作物提供營養(yǎng)元素，主要起間接營養(yǎng)的作用。 增進(jìn)土壤肥力 這是微生物肥料的主要作用之一。例如各種自生、聯(lián)合或共生的固氮微生物肥料，可以增加土壤中的氮素含量；多種溶磷、解鉀的微生物，如芽孢桿菌、假單胞菌的應(yīng)用，可以將土壤中難溶的磷、鉀分解出來，轉(zhuǎn)變?yōu)樽魑锬芪绽玫牧?、鉀化合物，使作物生長環(huán)境中的營養(yǎng)元素供應(yīng)增加。一些微生物肥料的應(yīng)用，增加了土壤中的有機質(zhì)，提高了土壤的肥力。

有益微生物在作物根部定殖之后，大量生長、繁殖的結(jié)果形成了作物根際的優(yōu)勢菌群，通過對養(yǎng)分資源和生存空間的占用，對致微生物產(chǎn)生競爭優(yōu)勢，從而抑制這些有害微生物的生長和繁殖，間接地增強了植物的抗b能力。 使用微生物肥料后可以減少化肥的施用餐。由于微生物肥料可以提高土壤的養(yǎng)分含量，因此在相同地力水平的土壤上可以減少化肥的用量，并且獲得等效的增產(chǎn)效果。