微生物肥料對(duì)無(wú)機(jī)污染物的修復(fù)機(jī)理是微生物肥料進(jìn)入土壤生態(tài)系統(tǒng)后，好氧菌等微生物益生jun群，通過(guò)自身的生物反應(yīng)，降低土壤的酸度，提高土壤的pH值，從而降低土壤中有害重金屬的毒害;同時(shí)肥料中的微生物菌可以將重金屬固定，促使土壤中活性重金屬變?yōu)橛袡C(jī)結(jié)合態(tài)，形成過(guò)濾層和隔離層，降低作物對(duì)土壤中重金屬的吸收，從而避免了土壤中重金屬等有害物質(zhì)或其分解產(chǎn)物通過(guò)“土壤植物人體”，或通過(guò)“土壤水人體”間接被人體吸收，損害身體健康。

有機(jī)肥一般無(wú)特殊的限制條件，但菌肥是“活”的，所以不可與殺蟲(chóng)劑、殺菌劑混用，也不能長(zhǎng)期暴露于陽(yáng)光照射下。此外，土壤的含水量、溫度、pH條件等也會(huì)影響菌肥的效果。微生物菌肥，不僅含有大量固氮、解磷、解鉀活性菌，還含有有機(jī)質(zhì)、腐殖酸和微量元素等，不僅可以改良土壤結(jié)構(gòu)，消除土壤板結(jié)，還可以改善作物品質(zhì)等。