沉水植物植物體長期沉沒在水下，僅在開花時花柄、花朵才露出水面。如金魚藻、車輪藻、貍藻和眼子菜等，表皮細胞沒有角質(zhì)或蠟質(zhì)層，能直接吸收水分和溶于水中的氧和其他營養(yǎng)物質(zhì)，根部退化或完全消失。葉片上的葉綠體大而多，排列在細胞外圍，能充分吸收透入水中的微弱光線。葉片上沒有氣孔，有完整的通氣組織，能適應水下氧氣相對不足的環(huán)境。無性繁殖占優(yōu)勢，授粉在水面進行。雖然海洋中的大葉藻藻及海藻類均包括在內(nèi)，但一般則是指淡水植物。如黑藻屬、苦草屬、狐尾藻屬、金魚藻屬、小葉眼子菜，輪藻等葉和莖的機械組織、角質(zhì)層、導管等均發(fā)育不良，質(zhì)柔軟，葉多半可進一步區(qū)分為細長形或線形。營養(yǎng)鹽類，O2及CO2主要是通過藻體表面攝取。假根的發(fā)育也不良，多少具有吸收能力，但主要是作為固定器官來使用。另外，也有無假根的藻類。沉水植物是以根莖、芽、種子等進行越冬。

沉水型水生植物根莖生于泥中，整個植株沉入水中，具發(fā)達的通氣組織，利于進行氣體交換。葉多為狹長或絲狀，能吸收水中部分養(yǎng)分，在水下弱光的條件下也能正常生長發(fā)育。對水質(zhì)有一定的要求，因為水質(zhì)渾濁會影響其光合作用。花小，花期短，以觀葉為主。